Manifestasi pada ginjal biasanya ditandai dengan kaki bengkak, perut membesar karena hipoalbumin. Hipoalbumin terjadi karena adanya inflamasi pada ginjal, sehingga fungsi ginjal sebagai menyaring protein agar tidak keluar berfungsi dengan baik, karena secara normal fungsi ginjal adalah menyaring protein khususnya albumin agar tidak keluar dari tubuh.
Gejala awal sebelum ditemukan bengkak yang nyata ditandai dengan bengkak pada kelopak mata saat bangun tidur. Selain bengkak, biasanya disertai tekanan darah yang meningkat karena fungsi ginjal mengatur hormon yang mempengaruhi tekanan darah. Karena ada keradangan, hormon pengatur tekanan darah menjadi meningkat. Bila kelainan ginjal ini tidak segera ditangani dengan baik, maka akan menimbulkan gangguan fungsi ginjal yang permanen. Lupus pada ginjal disebut lupus nefritis, gejala ini bisa muncul bersamaan dengan gejala pada organ lain atau seringkali muncul sebagai gejala tunggal.
Klasifikasi Histopatologi Lupus Nefritis menurut WHO
I. Normal
IIA. Mesangial Deposit
IIB. Mesangial Hiperselulariti
III. Fokal Segmental Glumerulonepritis
IV. Difus Glumerulonepritis
V. Membranus Glumerulonepritis
Terapi lupus nefritis tidak didasarkan pada biopsi ginjal, tetapi didasarkan pada kondisi klinis. Terapinya dapat diberikan kortikosteroid dosis kecil sampai mega dosis tergantung berat ringannya kebocoran protein dan biasanya dikombinasi dengan imunosupresan. Selain diberikan obat ini diberikan juga obat anti hipertensi sangat penting karena tensi yang tidak terkontrol dapat menimbulkan kejang dan penurunan kesadaran. Kelainan lupus nefritis ini pada umumnya reversible (kembali normal) akan tetapi tipe yang progresif cepat menjadi gagal ginjal meskipun sudah diberi obat-obatan yang optimal.